Prince of Persia draait om de klassieke strijd tussen goed en kwaad. Een verhaal waarin twee goden duizenden jaren geleden vochten om de macht. Destijds kwam de goede god als winnaar uit de strijd. Aan het begin van de game breekt de kwade god echter los en verandert het sprookjesachtige land in een dorre donkere wereld. Deze is tevens overspoeld met een donkere smurrie, bekend als 'corruption', die bij aanraking vrijwel fataal is voor de Prins. Deze is namelijk de aangewezen persoon om donkere god en zijn legers te verslaan.

Het vechtsysteem is ten opzicht van de vorige delen flink aangepast. Je vecht niet meer tegen meerdere vijanden tegelijk, maar altijd één per keer. Daarnaast kun je nu zelf bepalen welke kant je opgaat om een missie te voltooien. Je hebt nu ook hulp van een vrouwelijk personage Elika. Elika helpt je tijdens het klauteren en klimmen, of tijdens het maken van wat soms onmogelijke sprongen lijken. Ook staat ze de Prins bij tijdens het vechten tegen vijanden, door haar speciale magische aanvallen in te zetten. Je voltooit dit avontuur van begin tot eind met Elika.