Het verhaal van Saints Row 2 speelt zich wederom af in Stilwater, 15 jaar na de gebeurtenissen uit het eerste deel. Je wordt wakker op een dag in de gevangenis. Je bent echter niet vergeten hoe je daar geraakt bent en je zint op wraak. Na een succesvolle ontsnapping uit de gevangenis keer je terug naar de stad Stillwater in. Deze is in de loop der jaren dermate veranderd dat zelfs jouw oude bende niet meer bestaat. Het is aan jou om de oude bende opnieuw op te bouwen en in ere te herstellen.