In deze nieuwe game in de patapon-reeks ga je verder waar het eerste deel eindigt. Je gaat op zoek naar Earthend door middel van het verslaan van verscheidene tegenstanders en het gebruik van goeie tactieken. Jij bent de leider van Patapon en je moet er voor zorgen dat jouw bevolking heelhuids door het gebied komt.

Het besturen van je leger doe je wederom door het maken van ritmes op de drums. Zo is bijvoorbeeld het ene ritme een aanval en het andere verdedigen