Het spel Singularity gaat volledig om de tijd. De piloot Nate Renko is neergestort op een eiland. hier zijn al meerdere Russische experimenten gedaan waardoor een spul is ontstaan genaamd E99. De stof zorgt ervoor dat de tijd op het eiland helemaalin de war raakt.

Jij speelt Nate Renko die beschikking heeft over een tijd manipulatie machine.