BLEACH: The 3rd Phantom is een spin-off van het hoofdverhaal van BLEACH. Het verhaal geeft informatie over wat er voor de animé-serie gebeurd. Daarin concentreert het verhaal zich vooral op de Soul Reaper-tweeling Fujimaru Kudo en zijn zus Matsuri Kudo. Naast bekende gezichten uit de serie komen er ook veel nieuwe personages in de game voor.