Star Trek Online speelt zich af in het jaar 2409 en het staat de spelers toe om zich helemaal het Star Trek universum in te leven. Zo zal je verschillende planeten kunnen bezoeken maar ook het noodzakelijk kwaad moeten bestrijden, zoals onderzoeken naar nieuw leven en nieuwe nederzettingen.
In de game kan je ook vechten in de Predator schepen, of zelfs aan boord gaan van een Starship.