Valkyria Chronicles speelt zich af in een verzonnen wereld rond de jaren '30. De wereld is opgesplitst in twee delen: de Empire en de Federation. Te midden van deze grote gebieden ligt een klein neutraal landje genaamd Gallia waar de Empire heeft op gemunt heeft.

Jij gaat samen met 7th platoon op onderzoek om meer te weten te komen over de grotere kracht op de achtergrond: Valkyria.