Cloudy with a Chance of Meatballs is een game gebaseerd op een gelijknamige animatieserie. Het gaat over de jonge uivinder, Flint Lockwood, die een uitvinding wil doen die de wereld zal verbeteren. Wanneer hijd e uitvinding doet genaamd; F.L.D.S.M.D.F.R. (Flint Lockwood Diatonic Super Mutating Dynamic Food Replicator) blijkt dit te lukken. Met dit apparaat kunnen mensen namelijk voedsel uit de lucht laten valllen.

Helaas valt het plan in duigen wanneer de stad Swallow Falls een grote puinhoop wordt door een overmatige hoeveelheid aan voedsel. Nu zal Flint het zooitje weer moeten oplossen door middel van zijn uitvinding.