Het verhaal draait om een burgemeester van een stad die wordt overspoeld door allerlei tuig, Orks en demonen. De burgemeester weet niet hoe hij zijn stad veiliger moet maken en ten einde raad besluit hij de hulp in te roepen van twee helden:E'lara en Caddoc een vrouwelijke jager en een mannelijke krijger. Deze twee helden gaan in de kerkers op zoek naar de oplossing om het kwaad te bestrijden.

Hunted is een echte co-op-game, waar online samenwerken met andere spelers de enige weg naar succes is. Je kunt in de huid van de koelbloedige en kinky jager kruipen, terwijl je medespeler in de huid kruipt van de terughoudende krijger. Beide personages hebben een eigen speelwijze. Zo werkt de jager vooral met pijl en boog, terwijl de krijger zijn met zijn zwaard zoveel mogelijk hakt. Het spreekt dus voor zich dat de jager zich vooral vanuit de achterhoede in de strijd zal mengen terwijl de krijger midden tussen de vijanden om zich heen hakt.

De game draait om balans maar tijdens het spelen van de co-op-game kun je van personage wisselen. InXile heeft hiervoor speciale checkpoints, daar kun je wisselen van personages, waardoor je na het gebruik van pijl en boog eindelijk eens kunt hakken met een zwaard. Deze wisselingen zorgen voor de variatie binnen de game.