Tom Clancy's Ghost Recon Predator speelt zich diep in de jungles van Sri Lanka af, waar de Ghosts 72 uur de tijd hebben om een invasie voor te bereiden voor de Verenigde Staten. Een conflict met Pakistan dreigt en de Ghosts komen er al snel achter dat ze al die tijd de verkeerde vijand op de korrel hadden. Ze moeten nu snel handelen om te voorkomen dat foutieve intel de VS bereikt, waardoor er een onvoorspelbare en desastreuze oorlog kan ontstaan.

In de game krijg je de controle over een groep elite-soldaten die diep achter vijandelijke linies aan één missie werkt: een desastreuze oorlog voorkomen en de terroristen uitschakelen die verantwoordelijk zijn voor de situatie die ontstaan is.